Közismertek a gyógyszerek mellékhatásai, a betegtájékoztatók hosszasan sorolják ezeket. A mellékhatások kialakulása az esetek többségében azonban elkerülhető kellő odafigyeléssel, és ha szakember tanácsát kérjük a szer alkalmazásánál. E mellékhatások elkerülése miatt fontos, hogy a beteg az új gyógyszer szedése előtt tájékoztassa orvost, vagy a vény nélkül kapható szerek esetében a gyógyszerészt az aktuálisan szedett más gyógyszereiről, terhességéről, egyéb betegségéről. A máj- és vesebetegségben szenvedők mindenképpen csak orvosi konzultáció mellett szedjenek gyógyszereket, még ha azok vény nélkül kaphatók is, ugyanis esetükben a gyógyszer szervezeten belüli felszívódása, lebomlása jelentősen módosulhat.
Az adagolást szigorúan tartsuk be, és ne alkalmazzunk önkényesen mindenféle gyógyszert. Több gyógyszer egy idejű szedése esetén gondosan tanulmányozzuk a szerek hatóanyagát, mert akaratlanul is mérgezést okozhatunk magunknak azonos hatóanyagú, de különböző gyári néven futó gyógyszerek egyidejű szedésekor. Ez leginkább a fájdalom és lázcsillapítók átgondolatlan szedésekor szokott előfordulni. Például paracetamol nevű hatóanyagot tartalmaznak a Rubophen, Panadol, Mexalen stb. tabletták.
A gyógyszer szedésével kapcsolatban időnként tapasztalható mellékhatások nem jelentenek allergiát. Szinte minden gyógyszer okoz például enyhe gyomor-bélrendszeri tüneteket, hasmenést, émelygést.
A mellékhatások kialakulásának hátterében állhat egyéni érzékenység, vagy a gyógyszerlebontás egyéni genetikai okok miatt nem a szokásos módon történik, ilyen esetekben a szokásos adagolás mellett a túladagolás tünetei lépnek fel. A nem kívánt hatások harmadik oka lehet a gyógyszerrel szembeni immunválasz, ebben az esetben beszélünk gyógyszerallergiáról.