A patogének olyan élősködő organizmusok, amelyek megtelepedve egy másik szervezetben szaporodni kezdenek, és betegséget okoznak. A kórtüneteket általában a patogén szervezet toxikus anyagcseretermékei váltják ki, illetve súlyosbítják megváltoztatva a megtámadott gazdaszervezet anyagcsere-folyamatát.
A fertőzéskor a gazdaszervezet immunreakciókkal válaszol. Az immunsejtek különböző típusai a nyirokrendszerben, a nyirokcsomókban vagy a vérben cirkulálnak, végigjárják a szöveteket és azonnal felismerik a testidegen anyagokat, majd beindítják a védekezést.