A feleslegessé vált vagy lejárt gyógyszerek veszélyes hulladéknak minősülnek, ezért a kommunális szemétgyűjtőkben elhelyezni tilos. A kommunális szemétgyűjtőkbe kerülő gyógyszerek veszélyes anyagtartalma kioldódhat, kémiai hatóanyagai reakcióba léphetnek más vegyszerekkel, anyagokkal. A korábban biológiailag könnyen lebomlónak vélt szerek nagy részéről kiderült, hogy a szennyvíz tisztítása során nem bomlanak le teljesen, így az élővizekre veszélyt jelenthet a szennyvíztisztítási határértéket meghaladó koncentrációjú kibocsátás. A humán gyógyszerek a természetes kiürülésen kívül, külsőleg alkalmazva, a mosdóvízzel (lejáratuk után gyakran a WC-be dobva) érik el a kommunális és ipari szennyvízzel a tisztítóművet, azon keresztül a talajvizet és az élővizeket. Magyarországon súlyosbítja a gondokat, hogy szennyvíz jelentős része tisztítás nélkül, közvetlenül szennyezi az élővizeket. A feleslegessé vált, vagy lejárt szereket a gyógyszertárakban kihelyezett gyűjtőedényekben kell elhelyezni.