A pepszin a gerincesek gyomornedvében megtalálható emésztőenzim. Neve a görög pepszisz - emésztés szóból származik.
A gyomor fősejtjei pepszinogént választanak ki a gyomor üregébe, amiből a sósav hatására pepszin keletkezik. A pepszin a gyomornedv alkotórészeként a gyomor erősen savas közegében (pH 1-2) a fehérjéket különféle méretű polipeptidekre bontja le.
Az emlősökben két izoenzim formában is előfordul:
- pepszin I (vagy rennin, kimozin) a tejet fogyasztó újszülöttekre és nagyon fiatal emlősökre jellemző
- pepszin II (felnőtt forma)
Az emberi szervezetben eddig hét, egymással rokon szerkezetű pepszint azonosítottak.
A pepszin állatok gyomornedvből sárgás por alakjában vonható ki. Emésztési zavaroknál gyógyszerként alkalmazható. Sajtkészítésnél oltóanyagként használják.