A vírusfertőzések gyógyszeres terápiája, azért nagyon nehéz, mert a vírusok az emberi gazdasejteken belül szaporodnak. Ezért „megtámadásuk” egyben a gazdasejtet is károsítja. A gyógyszerkutatások során azonban találtak néhány olyan hatóanyagot, amelyek eléggé differenciáltan, szelektíven képes a vírusra, ill. annak szaporodására hatni.
Ilyen vírusellenes hatóanyagok például az aciklovir, penciklovir, tromantadin, amelyek a herpes vírusok ellen hatnak – ezeket tartalmazó gyógyszerek jelentős része vény nélkül is kapható. A ribavirin, amelyet a vírusos májgyulladásokban, vagy súlyosabb légúti fertőzésekben alkalmaznak. A norvir, didanozin, nevirapin, indinavir, amelyek HIV kezelésére szolgálnak. Vagy a zanamivir, oseltamivir hatóanyagú szerek, amelyek influenzás megbetegedésekben használatosak (Ld. még Tamiflu).