A bakteriológia a baktériumokkal foglalkozó szakiránya több tudományágnak, a baktériumok alaktani és élettani tulajdonságait tanulmányozza. Az orvosi bakteriológia a baktériumok emberi szervezetre gyakorolt hatásaival és a baktériumok okozta betegségekkel foglalkozik.
A tudománytörténeti források szerint a 17. században egy holland tudósnak sikerült meglátnia először baktériumot egy kétszázszoros nagyítású mikroszkópban. A 19. században Pasteur tevékenysége nagy lökést adott a bakterológiai kutatásoknak. Pasteur ismerte fel és bizonyította a mikrobák szerepét az erjedési folyamatban, illetve a fertőzésekkel kapcsolatban. A 19. század közepén Semmelweis Ignáccal nagyjából egy időben egy angol sebész (Joseph Lister) is felismerte, hogy a sebfertőzés okozói a baktériumok, és az orvosi eszközök sterilizálásával megakadályozhatók e fertőzések.
A magyar szülész-nőgyógyász, Semmelweis Ignác a gyermekágyi lázzal kapcsolatban fejtegette, hogy a „bomlott szerves anyag”, a bonctermekből áthurcolt kórokozók nyílt sebekbe kerülve súlyos következményekkel jár. Robert Koch (19. század) német orvosbiológus – aki a tébécével kapcsolatos kutatásaiért később Nobel-díjat kapott – több baktériumfajt azonosított, jelentősen bővítve az elkülönítésre szolgáló laboratóriumi technikákat. Így azonosította a tuberkulózis, a lépfene és a kolera kórokozóját. Bár sok patogén baktériumot azonosítottak a gyógyszer, az antibiotikum előállítása a 20. század elejéig váratott magára. Paul Ehrlich a Treponema pallidum nevű spirochaetát szelektíven festő anyagban cserélt ki a komponenseket oly módon, hogy az új keverék a szifiliszt okozó patogént szelektíven elpusztította. Kutatási eredményeiért szintén Nobel-díjat kapott.