Az egészséges szervezet erős védekező (immunrendszer]e rendszerint leküzdi vagy megelőzi a fertőzés kialakulását, ha ez magától nem megy, akkor gyógyszeres terápia az esetek többségében maradéktalan gyógyulást eredményez.
Vannak azonban olyan esetek, amikor a kórokozó bizonyul erősebbnek, maradandó károsodást, súlyos esetben halált okozva. A krónikus, idült fertőzés akkor alakul ki, ha a szervezet védekező mechanizmusa és a kórokozó hatása között egyensúlyi állapot jön létre, az esetek többségében ilyenkor csak akkor van gond, ha tünet hiányában a fertőzött nem fordul orvoshoz.
A különböző mikroorganizmusok nem egyformán patogének, vagyis nem egyformán képesek megbetegíteni az embert. A virulens mikroorganizmusok szaporák és szorgosan termelik méreganyagaikat, a kevésbé virulensek lassabban teszik mindezt. A fertőzés okozta tünetek jelentkezhetnek néhány napon belül, de egyes esetekben akár évekig is rejtve maradhat a fertőzöttség (pl. AIDS 5-10 év).
A legsúlyosabb fertőző betegségek:
Az elhalálozási számok sorrendjében a legsúlyosabb fertőző betegségek az influenzavírusok okozta légúti megbetegedések és annak szövődményei, a második helyen a hasmenéses emésztőrendszeri fertőzések és a tuberkulózis áll, ezeket követi a malária a hepatitisz B, a kanyaró, az AIDS és a tetanusz.